Publié le 1 mars 2015
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Les syndromes respiratoires (SR) sont parmi les maladies les plus fréquemment rencontrées en élevage et peuvent être associés à des syndromes de type « chutes de pontes » chez les volailles reproductrices, avec des pertes en production d’œufs et de poussins d’un jour. Les metapneumovirus aviaires, Mycoplasma spp, Ornithobacterium rhinotracheale (ORT) et ou Escherichia coli sont considérés comme des agents majeurs responsables de SR. Les virus Influenza aviaires faiblement pathogènes et Aspergillus sp., Pasteurella multocida ou Chlamydia psittaci peuvent aussi être rencontrés lors d’épisodes respiratoires chez la dinde. Un outil innovant de PCR quantitative en temps réel (RTqPCR), basé sur la technologie nanofluidique, a été développé pour la détection d’agents pathogènes respiratoires de la volaille : 22 agents (virus, bactéries et champignons) associés à des infections respiratoires de la volaille ont été ciblés. Les amorces de PCR ont ensuite été appliquées à la RTqPCR nanofluidique (Biomark, Fluidigm). L’originalité de cet outil repose sur sa capacité à cribler jusqu’à 96 échantillons contre 96 couples d’amorces en une seule réaction de RTqPCR. Des écouvillonnages trachéaux de dindes effectués en France et au Maroc entre 2011 et 2013 dans des élevages présentant des SR ont été soumis à une analyse par RTqPCR Biomark. En parallèle d’une présence systématique d’E. coli, ce criblage a notamment mis en évidence de fréquentes infections à metapneumovirus aviaire, Mycoplasma gallisepticum et M. synoviae, avec des profils de co-infections différents entre la France et le Maroc.