Création d’un panel d’assignation de parenté pour deux lignées commerciales de canard Barbarie

Contexte : En sélection, la connaissance du pedigree est nécessaire pour réaliser les évaluations génétiques et pour gérer la consanguinité lors des accouplements. L’un des verrous à lever pour une sélection sans cage du canard est de disposer d’un outil d’assignation de parenté pour reconstituer le pedigree après une reproduction au sol. Des ressources génomiques sont d’ores et déjà disponibles pour créer un panel d'assignation de parenté pour le canard de Barbarie : il s’agit de 192 marqueurs SNP issus d’une puce 600K SNP, précédemment utilisés pour la création d’un outil d’assignation destiné à des lignées expérimentales INRAE. Objectif : L’objectif de cette étude est de s’assurer du bon fonctionnement des 192 marqueurs sur deux lignées commerciales de canard de Barbarie, et de sélectionner les 96 SNP les plus pertinents pour ces lignées afin de réaliser des assignations de parenté à un coût modéré. Méthodologie : Quatre-vingt-quatorze échantillons comprenant à la fois des parents et des descendants ont été prélevés dans les deux lignées. Ces animaux ont été génotypés sur les 192 marqueurs. Les données ont été filtrées pour éliminer les individus et les SNP de mauvaise qualité, puis les marqueurs présentant des incompatibilités mendéliennes ont été supprimés. Enfin les marqueurs ont été classés en fonction de leur niveau de polymorphisme. Les 96 meilleurs SNP ont ensuite été testés en réalisant une assignation de parenté pour chacune des lignées sur les échantillons disponibles. Résultats : A l’issue des filtres sur les données manquantes, 179 SNP et 78 individus ont été conservés. Cent-cinquante marqueurs ne présentaient aucune incompatibilité mendélienne. L’élimination des marqueurs les moins polymorphes dans les deux lignées a permis d’obtenir la liste de 96 SNP. Les assignations de parenté réalisées avec ce panel ont permis d’assigner correctement tous les individus dont les deux parents étaient présents dans les données (10 individus dans une lignée, 26 individus dans l’autre lignée). Comme attendu, les individus pour lesquels au moins un parent était absent n’ont pas été assignés, confortant l’informativité des 96 marqueurs retenus. Conclusion : Les 96 SNP du panel ont permis de reconstituer sans erreur les pedigrees. Une utilisation de plus grande envergure du panel est prévue afin d’étudier la contribution dans la descendance de reproducteurs placés en groupes de différentes tailles et de différents sex-ratio.