Construction a posteriori du pedigree d’une population expérimentale de canards à l’aide d’outils moléculaires

L’entrée en vigueur de la directive 2010/63/UE relative à la protection des animaux utilisés à des fins scientifiques a conduit l’Unité Expérimentale des Palmipèdes à Foie Gras (INRAE) à reconsidérer la conduite de ses lignées nécessitant la connaissance du pedigree. Pour connaitre la généalogie de 3 populations de canards (Pékin, Barbarie et leur hybride mulard) dans un programme expérimental en cours, il s’agissait de concevoir un plan d’accouplement au sol (sans recourir aux cages individuelles pour les femelles) compatible avec l’utilisation d’un panel de 96 marqueurs SNP développé parallèlement. Dans chaque cellule (3 par population parentale) environ 32 femelles étaient réparties en 4 groupes de 8 pour les canes de Barbarie ou 3 groupes de 11 pour les canes Pékin. Chacun de de ces groupes était inséminé par la semence mélangée d’un pool de 4 mâles. On a donc remplacé un schéma hiérarchique classique en volailles (1 1 et k 1) par un schéma factoriel (p 1 et q 1) habituellement rencontré en aquaculture. Les groupes de reproducteurs étaient constitués de façon à faciliter l’assignation, c’est-à-dire en évitant de rassembler des frères ou des sœurs au sein du même groupe. La consanguinité attendue a également été limitée en évitant les pères communs entre groupes de 1 et de 1 associés. Malgré la taille réduite du panel (96 marqueurs), son pouvoir d’assignation et la connaissance du plan d’accouplement et de la cellule où l’œuf a été ramassé ont permis la réassignation à un couple unique pour plus de 96% des individus en mulards et Pékin. Pour les Barbarie, l’absence d’une dizaine de génotypes parentaux a fait chuter ce succès à 88%. Sous réserve de pouvoir contrôler la ponte, ce type de panel concourt, pour un coût limité, à la mise en œuvre d’alternatives à la cage individuelle en sélection.