Comment améliorer l’efficacité de la sélection génomique pour la résistance a la nodavirose chez le bar ?

La nodavirose (ou VNN pour Viral Nervous Necrosis en anglais) est une menace majeure pour les populations de bars communs avec le réchauffement climatique et des mortalités pouvant atteindre 90%. Parmi les moyens disponibles pour réduire la fréquence et la sévérité des épidémies, la sélection génétique constitue une stratégie prometteuse développée depuis plusieurs années par les écloseries françaises et qui a récemment bénéficié de l’identification d’une région génomique sur le chromosome 12 impliquée de manière significative dans la résistance à l’infection (Delpuech et al. 2023). Objectif La résistance à la nodavirose possède une héritabilité de 0,21 avec le QTL identifié sur le chromosome 12, et au sein de la population étudiée, la présence du QTL confère jusqu'à 40 % d'augmentation de la survie. Ici, nous étudions donc l’effet de la prise en compte ou non dans le modèle d’évaluation génétique de ce marqueur associé à cette résistance sur la survie des descendants. Méthodologie L'évaluation génomique des valeurs génétiques estimées (GEBV) de 98 mâles d’EMG-Ichtus a été réalisée à l'aide de génotypes provenant de 5251 frères et sœurs génotypés sur la puce 57 000 marqueurs SNP DlabCHIP de ThermoFisher, dont 1051 individus ont également été évalués à leur survie à la nodavirose. Ces 98 mâles ont été croisés avec un groupe de 8 femelles, produisant 4 210 descendants qui ont été soumis à une épreuve infectieuse contrôlée à Fortior Genetics. Résultats A partir de l’ensemble de ces informations, nous avons observé une corrélation r = 0,38 entre les valeurs génétiques estimées des 98 mâles obtenus par ssGBLUP (Single-step genomic best linear unbiased prediction, combinant l’utilisation du pedigree et des génotypes) et la survie des descendants obtenus et challengés au virus étudié. Lorsque l'effet génétique du marqueur SNP le plus significativement associé à la résistance à la nodavirose a été ajouté comme effet fixe dans le même modèle, la corrélation a nettement augmenté (r = 0,52). Conclusion Ces résultats confirment que la sélection génétique des parents permet d’augmenter la résistance de leurs descendants à la nodavirose. Ils montrent aussi que l’utilisation additionnelle de l’information apportée par le marqueur QTL expliquant une grande partie de la résistance (sélection assistée par marqueur) améliore l’efficacité d’une sélection génomique « simple » utilisant les 57.000 marqueurs disponibles. Ce travail a été soutenu financièrement par le projet FEAMP MedMax (n° FEA470020FA1000002) co-financé par le gouvernement français et l'Union européenne.