Cartographie fine de QTL de qualité de la carcasse et de la viande dans une lignée de poulets à croissance lente

Alors que les consommateurs font souvent le choix du Label Rouge pour l’achat d’un poulet entier (56% des parts de ce marché en 2011), ce type de production est encore peu valorisé sous forme de découpe (11% en 2011) ou de produits élaborés. Après avoir montré un fort déterminisme génétique des caractères de découpe et de qualité des viandes en souche label, cette étude visait à contribuer au développement d’outils moléculaires utilisables en sélection grâce à une détection de QTL dans une souche grand-parentale à croissance lente. 764 animaux et leurs parents (10 pères et 87 mères) ont été génotypés avec la puce Illumina 57K. Les descendants ont été phénotypés grâce à des mesures de poids (à 3,5, 6,5, 9 et 12 semaines), rendement en filet, pourcentage de gras abdominal, pourcentage de cuisse, pH à 15 min et à 24h post-mortem, couleur (L*, a*, b*), perte en eau par exsudation, ainsi que pourcentage de lipides intramusculaires du filet, et comportement des animaux à l’abattage. Du fait d’une mauvaise qualité d’ADN ou d’une incompatibilité avec les génotypes parentaux, 25 échantillons d’ADN ont été retirés de l’étude. Les tests de qualité et d’informativité des marqueurs ont permis de valider un total de 40203 SNP autosomaux pour les analyses. Deux types de méthodologies ont été utilisées : des analyses d’associations (de type FASTA et Bayes CPi) et des analyses combinant liaison intra-famille et déséquilibre de liaison populationnel. Au total, 570 QTL ont été identifiés par l’ensemble des méthodes. Parmi ces QTL, certains présentent des effets forts comme le QTL de poids sur le chromosome 24 dont le niveau de signification est maximal à 6 semaines mais diminue à 12 semaines, ou les QTL de rendement en filet sur les chromosomes 17 et 18. Plusieurs régions pléïotropes ont été suggérées. C’est le cas sur les chromosomes 4, 7, 13, 19 ou 20 où co-localisent des QTL de comportement à l’abattage et de pH à 15 min post-mortem, en cohérence avec la forte liaison génétique observée entre ces deux caractères.