Cartographie fine de la résistance à la nécrose nerveuse virale chez le bar identifiée par séquençage du génome entier

La nodavirose (ou VNN pour Viral Nervous Necrosis, en anglais) est considérée comme la maladie ayant le plus d'impact sur l'aquaculture européenne du bar, avec notamment une mortalité pouvant atteindre 90% des bars au stade juvénile. La sélection génétique dans les élevages est une stratégie prometteuse pour réduire la fréquence et la sévérité des épidémies. Plusieurs grandes régions génomiques pour la résistance au VNN ont été identifiées dans des études précédentes à partir de données provenant de puces à SNP. Pour affiner l'architecture génétique, voire identifier un gène candidat pour la résistance à la nodavirose chez le bar, nous avons mené des études d'association pangénomiques (GWAS) basées sur des données de séquençage complet d’individus testés pour leurs résistances. Au total, 5 799 bars (Dicentrarchus labrax) provenant de deux entreprises françaises, EMGi et FMDS, ont été utilisés dans notre étude. Les mâles et/ou femelles utilisés dans les croisements des populations commerciales ont été séquencés pour connaître l’ensemble des variants génétiques caractérisant les deux populations. Ensuite, pour étudier la survie à la nodavirose, l’ensemble des descendants ont été exposés au nodavirus sur la plateforme FORTIOR Genetics (SYSAAF-ANSES), afin d'évaluer leur résistance. Chaque individu mort ou vivant a été génotypé sur la puce à 57.000 marqueurs SNP DlabCHIP de ThermoFisher (Griot et al., 2021). A la suite d’une étape d’imputation, des études GWAS ont été réalisées sur un jeu de données de près de 1 million de SNP imputés pour tous les individus challengés des deux populations commerciales. Une région génomique (QTL) précise du chromosome LG12 commune à EMGi et FMDS a été détectée, montrant une forte association entre les SNP imputés et le caractère phénotypique de résistance à la nodavirose. Un taux de survie de près de 80% a été rapporté pour les individus possédant l’allèle de résistance à ce QTL. Des recherches sont en cours pour identifier les gènes et les éventuels polymorphismes responsables de la résistance au VNN dans cette région. L'identification d'un gène causal serait un pas important vers la compréhension des mécanismes immunologiques et physiologiques de la résistance au VNN, et une avancée majeure pour les programmes de sélection des écloseries Françaises EMGi et FMDS, permettant un gain génétique plus important en utilisant la sélection assistée par marqueurs. Cette étude a été soutenue par les projets Gènesea et MedMax, financés par le FEAMP et l’Etat Français.