Caractérisation moléculaire de Salmonella senftenberg isolées de couvoirs

La contamination récurrente des couvoirs par Salmonella Senftenberg et sa capacité à persister dans les élevages est une des préoccupations importantes des professionnels de la filière volaille. L’objectif de cette étude est de génotyper des isolats de Salmonella Senftenberg issus de couvoirs afin de déterminer leur diversité génétique et d’identifier des types de contaminations. Deux cents huit isolats collectés entre mars 2013 et avril 2014 provenant de trois couvoirs ont été analysés par RFLP-PFGE (Restriction Fragment Length Polymorphism-Pulsed Field Gel Electrophoresis) avec l’enzyme de restriction XbaI. Les profils génétiques obtenus sont comparés au moyen du logiciel BioNumerics 6,5 (Applied-Maths). La similarité des isolats est déterminée selon le coefficient de DICE (Detection of Informative Combined Effects) avec une tolérance de 1 % et le dendrogramme est construit selon la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages). L’indice de Simpson est calculé pour estimer la diversité génétique des isolats (Hunter, 1988). Les résultats de cette étude permettent de confirmer la grande diversité génétique de Salmonella Senftenberg avec un indice de 0,964 (Kerouanton, 2007 ; Boumart, 2012). L’analyse des résultats de chaque couvoir montre trois types de contaminations : résiduelles, croisées et multiples . La comparaison des profils retrouvés dans les trois couvoirs montre des isolats ayant une similarité à 100 % communs aux trois couvoirs, indiquant une probable origine de contamination commune. Une enquête épidémiologique sera nécessaire par la suite pour déterminer les causes de ces contaminations et mettre en place les moyens de lutte appropriés.