Caractérisation de Clostridium botulinum dans le cadre d’épisodes de botulisme aviaire en France

Le botulisme aviaire est une maladie neuroparalytique sévère, dû à l’action de la toxine botulique produite par Clostridium botulinum, touchant à la fois les oiseaux sauvages et d’élevage. L’absence d’outils de typage aboutit à une méconnaisance de l’épidémiologie du botulisme aviaire. L’isolement des souches de C. botulinum est difficile, ce qui empêche d’appliquer directement les outils qui existent en routine pour d’autres espèces bactériennes et nécessite le développement d’outils dédiés et adaptés. Une méthode de typage nommée Multi Loci VNTR (Variable Number of Tandem Repeats) analysis (MLVA) a ainsi été développée récemment pour caractériser C. botulinum dans le cadre d’épisodes de botulisme animal directement à partir des échantillons, sans étape d’isolement. Cette méthode basée sur le polymorphisme de régions répétées (VNTR) consiste à amplifier 7 cibles différentes par PCR puis à déterminer pour chaque cible le nombre de répétitions. L’objectif de notre étude était de caractériser C. botulinum dans le contexte d’épisodes de botulisme aviaire en France via cette méthode MLVA. Vingt souches pures représentatives de la collection du LNR botulisme aviaire ont été sélectionnées et comparées par MLVA. Les résultats montrent que les souches de type C/D, type le plus fréquent en aviaire, se regroupent ensemble avec un pourcentage de similarité compris entre 52,2 et 100%, que ces souches soient associées à un foyer en élevage ou un cas en faune sauvage. Notre étude n’a pas permis la mise en évidence de lien entre la répartition des souches selon leur profil MLVA et l’année, le département ou l’espèce d’origine. La méthode a également été testée dans le cadre d’investigations menées dans un élevage de dindes présentant des récidives sur des lots successifs. Le même profil a été détecté au cours des 3 épisodes différents, suggérant la persistance de la souche au cours du temps. Cette étude montre que la MLVA constitue un outil de typage prometteur pour explorer l’épidémiologie moléculaire du botulisme aviaire, que ce soit à partir de souches isolées ou d’échantillons du terrain.