Botulisme aviaire : optimisation de la détection de Clostridium botulinum par PCR en temps réel

Le botulisme est une affection nerveuse due à l'action de la toxine botulique produite par Clostridium botulinum. On distingue 8 types toxiniques annotés de A à H, le botulisme aviaire étant majoritairement concerné par les types toxiniques C et CD. Notre approche de détection de C. botulinum consiste en la mise en enrichissement du prélèvement analysé puis à la réalisation d'une extraction d'ADN et à la détection des gènes cibles par PCR en temps réel. Afin d'obtenir une méthode aussi sensible que possible, toutes les étapes précédant la PCR allant de la réalisation du prélèvement jusqu'à l'extraction d'ADN sont étudiées en vue d'optimiser et d'adapter le protocole à chaque type d'échantillon. Au cours de cette étude, 2 catégories d'échantillons ont été considérées : (i) les prélèvements réalisés sur animaux, permettant de confirmer la suspicion de botulisme établi sur la base des symptômes cliniques et (ii) les prélèvements environnementaux, permettant d'étudier la contamination environnementale des élevages atteints et d'identifier les points à risque pour la décontamination. Cette étude a ainsi montré que l'analyse des foies par PCR en temps réel suite à un enrichissement pendant 48h en condition anaérobie à 37°C permet d'améliorer la confirmation en laboratoire des cas de botulisme aviaire de 50% par rapport à l'analyse du contenu intestinal par PCR et de 20 % par rapport au test de létalité sur souris, méthodes de référence utilisées en routine actuellement. Nous avons également montré que l'utilisation d’un kit commercial commercialisé pour l’extraction d’ADN des prélèvements d’environnement permet d'éliminer les inhibiteurs de PCR pour la majorité des échantillons et d'améliorer la sensibilité de l'analyse. Cette étude nous a donc permis d'améliorer la sensibilité de détection de C. botulinum d'une part pour la confirmation du diagnostic en laboratoire par l'analyse des foies et d'autre part pour l’analyse des prélèvements d'environnement collectés en élevage avicole en modifiant la méthode d'extraction d'ADN.