Approche génomique de la domestication du poulet

L'espèce Gallus gallus (coq bankiva) est considérée comme l'ancêtre majeur du poulet domestique mais le genre Gallus comprend trois autres espèces : Gallus sonneratii (coq de Sonnerat), Gallus varius (coq de Java) et Gallus lafayetii (coq de Ceylan). Le séquençage profond du génome (25X) de ces espèces a été entrepris pour analyser avec précision la diversité génétique du genre Gallus et mieux comprendre la constitution du génome du poulet domestique. L'échantillonnage concerne 54 individus issus des 4 espèces sauvages et de différents pays (Vietnam, Thailande, Japon, Taiwan) et 18 individus domestiques représentant autant de races locales ou lignées commerciales (Europe, Afrique, Asie, Amérique du Sud). Le choix de 18 individus sauvages à séquencer a été fait sur la base d’un génotypage sur la puce 57K SNP Illumina iSelect, afin de représenter au mieux la diversité de l'échantillonnage. Une première analyse des séquences obtenues a été réalisée pour 3 G. gallus sauvages, 3 G. sonneratii et 6 poulets domestiques. Le nombre total de SNPs détectés par rapport à la séquence de référence GalGal4 s’élève à près de 27 millions. Certaines régions montrent une forte différentiation entre G. sonneratii et G. gallus (sur les chromosomes 7 et 28 par exemple) alors que d’autres montrent une très faible variation pour tous les individus, suggérant une pression de sélection (sur les chromosomes 5 et 18 par exemple). Près de 7 millions de SNPs sont fixés pour l’allèle alternatif chez les G. sonneratii, dont 443 211 (soit environ 4%) sont fixés chez les 6 poulets domestiques, ce qui renforce l’hypothèse d’une contribution de cette espèce au génome du poulet.