Antibiorésistance, quel est l'impact de l'utilisation des effluents d'élevages sur l'environnement

L’administration d’antibiotiques aux animaux conduit à la production d'effluents contenant des antibiotiques ou leurs métabolites éventuellement actifs, des bactéries résistantes et des gènes de résistance souvent portés par des éléments génétiques mobiles. Ces contaminants chimiques et biologiques vont être diversement impactés par les modalités de gestion des effluents, qu’il s’agisse de simple stockage, de compostage ou de méthanisation. La décroissance ou l’inactivation des antibiotiques dans l'effluent puis dans l’environnement est conditionnée à de très nombreux facteurs (propriétés physico-chimiques des antibiotiques et concentration initiale, type d’effluents et de substrat, conditions de température, durée, aération, adsorption, solubilité...). Inversement, les antibiotiques peuvent modifier les fermentations biologiques, en inhibant certaines populations bactériennes. Les bactéries résistantes sont généralement inactivées par la chaleur lors de stockage prolongé ou de compostage, mais leurs gènes de résistance peuvent persister et diffuser ensuite dans les sols ou les eaux où ils sont susceptibles d’être acquis par d’autres bactéries plus adaptées à l'environnement.