Antibiorésistance des bactéries indicatrices dans un système d'aquaculture recirculé et comparaison avec des isolats cliniquement importants

L'aquaculture est considérée comme un point chaud pour l'émergence et la propagation de l’antibiorésistance (ABR), car la coexistence de poissons, de bactéries et d'antibiotiques dans l'environnement aquatique fournit les conditions idéales (Cabello et al, 2013). Cependant, nos connaissances sur l’ABR en aquaculture sont très limitées par rapport à l'élevage terrestre. En particulier, les études sur l'occurrence de l’ABR dans les systèmes d'aquaculture recirculés (RAS) sont très rares. Les objectifs de cette étude sont 1) de décrire la dynamique de certaines bactéries indicatrices dans un RAS (c'est-à-dire les sources, la persistance et la diffusion) et 2) de comparer leurs profils d’ABR à ceux d'isolats cliniquement importants en médecine humaine. Ce projet est réalisé au RAS de l'école vétérinaire de Nantes (Oniris), pendant six mois (février-juillet 2022). La truite arc-en-ciel est élevée dans cette station expérimentale qui utilise de l'eau domestique et suit un traitement de l'eau complet : filtration à sable, filtration biologique et UV. La dynamique de l’ABR dans ce RAS est étudiée selon un plan d'étude longitudinal, en suivant une sélection de bactéries indicatrices dans tous les compartiments (eau, sédiments, poissons, aliments et biofilm). Tous les échantillons sont testés pour la présence d'Escherichia coli, Pseudomonas et Aeromonas. Ces trois groupes de bactéries sont de bons indicateurs de l’ABR dans l'environnement. Les isolats confirmés sont en train d’être testés par la Méthode de microdilution en bouillon afin de déterminer leur Concentration Minimale Inhibitrice. Pour chacun des groupes bactériens étudiés, 20 isolats provenant d'infections cliniques humaines ont été prélevés dans la collection du CHU de Nantes afin de comparer leurs profils d'ABR