Analyse phylogénétique de virus influenza aviaire H5 hautement pathogènes en France durant l’épizootie 2020-21

Depuis 1996, les virus de l'influenza aviaire (IA) H5 hautement pathogènes (HP) de la lignée A/goose/Guangdong/1/96 (Gs/GD/96) provoquent des épizooties récurrentes avec des taux de mortalité élevés chez les oiseaux sauvages et domestiques. L'Europe a connu des introductions majeures au cours des années 2005-2007 et 2014-2020. De novembre 2020 à juillet 2021, 519 cas d’infection par des virus IAHP A(H5) appartenant au clade 2.3.4.4b ont été détectés en France. Le premier cas d’IAHP A(H5N8) en France a été confirmé le 16 novembre 2020 chez des poulets dans une animalerie en Corse. Après cette date, 10 autres détections de virus IA HP A(H5) ont été confirmés à partir des liens épidémiologiques du premier foyer. Par la suite, de nombreux autres virus HP A(H5) ont également été détectés principalement dans des élevages de canards du Sud-Ouest de la France mais également de manière sporadique dans le reste de la France chez des oiseaux sauvages et domestiques. L’analyse des séquences génomiques virales a indiqué que 3 sous-types de virus HP A(H5) ont été détectés (H5N1, H5N3, H5N8), mais le sous-type H5N8 était largement majoritaire. Tous les virus A(H5N8) français présentaient le même génotype, à l'instar de la majorité des virus IAHP A(H5N8) détectés en Europe. Les analyses phylogénétiques des virus HP A(H5N8) ont aussi révélé que les séquences françaises étaient distribuées en 9 génogroupes, suggérant 9 introductions potentielles en France.