Analyse génomique de la composition du microbiote caecal du lapin

Le but de cette étude est d’identifier des régions chromosomiques (QTL) associées à la composition du microbiote caecal du lapin pour mieux connaitre le déterminisme génétique de ce caractère. L’ADN ribosomique 16S de la communauté bactérienne du caecum a été extrait et séquencé chez 525 lapins, issus d’une lignée sélectionnée sur l’efficacité alimentaire et d’une lignée témoin non sélectionnée. Les séquences, après raréfaction et filtration, ont permis de retenir 859 OTUs (operational taxonomic unit). Les lapins ont été génotypés avec la
 puce Affimetrix Axiom Rabbit 200K. Après contrôle qualité 514 lapins et 103 072 SNPs ont été retenus pour l’analyse d’association. Quatre-vingt-un QTLs ont été identifiés pour 69 OTUs, avec un total de 492 SNPs significativement associés à leur abondance. La plupart des QTLs étaient associés à l’abondance d’une seule OTU. Huit QTL étaient associés à 2 ou 3 OTUs. Des gènes candidats liés à la réponse immunitaire ou au métabolisme des acides biliaires localisés dans ces régions sont discutés.