Analyse du méthylome chez l'embryon de poulet par séquençage haut-débit

L'étude des causes moléculaires des variations phénotypiques observées chez les espèces d’élevage passe généralement par l'analyse de la variabilité de la séquence d’ADN. Récemment, de nombreuses études décrivent le rôle important de l’environnement dans la régulation de l’expression des gènes, notamment via des phénomènes épigénétiques. Afin de caractériser une des marques épigénétiques chez le poulet, la méthylation de l'ADN, un dispositif de 8 embryons (4 mâles et 4 femelles) issus du croisement réciproque de deux lignées a été utilisé. À partir d'une technique d'analyse par séquençage à haut-débit des marques de méthylation, un pipeline d’analyse bioinformatique a été développé. Un taux de méthylation plus faible dans les régions promotrices que dans les régions géniques et intergéniques a été observé. Grâce aux données transcriptomiques également disponibles sur ces embryons, nous avons confirmé que le niveau d’expression des gènes est plus fort quand les régions promotrices sont peu méthylées, et inversement. La possible interaction du fond génétique ou du sexe avec le niveau de méthylation, et son lien avec les niveaux d’expression chez les 8 embryons est en cours d’analyse. Ces analyses vont être étendues dans le cadre du projet ANR ChickStress qui étudie la réponse du méthylome à des variations de température et à l’utilisation d’un aliment de faible valeur énergétique chez la poule.