Analyse de la diversité génétique et des traces de sélection dans les filières avicoles chair et ponte

Contexte : Dans les filières avicoles les objectifs de production de viandes ou d’œufs ont abouti à la sélection de lignées spécialisées hautement productives. L’une des conséquences de cette hyperspécialisation est la dévalorisation de la carcasse dans les lignées de la filière ponte aboutissant in fine à l’élimination de poussins mâles. La prise de conscience et l’émoi sociétal provoqué par cette pratique ont conduit le législateur à demander son interdiction et la mise en place de solutions alternatives. Le développement de lignées à double finalité est l’une d’entre elle, les femelles et les mâles étant élevés respectivement pour la production d’œufs ou de viande. Cependant, les performances actuelles de ces lignées sont bien inférieures à celles des lignées commerciales de type ponte ou chair. Elles nécessitent d’être améliorées pour faire de cette alternative une option durable. Objectif : L’identification de régions génomiques sous sélection dans les lignées commerciales de type chair et ponte est un élément clé pour une meilleure compréhension des mécanismes biologiques ayant conduit à cette spécialisation. L’identification de telles régions, qui peuvent être caractérisées par la présence de segments homozygotes (ROH) sur le génome, pourrait s’avérer utile pour le développement de lignées à double finalité, globalement plus efficientes et correspondant à la demande sociétale de développement d’une agriculture durable plus respectueuse de l’éthique et du bien-être animal Méthodologie : En nous basant sur les séquences génomiques de 40 individus provenant de 2 lignées chair et 2 deux lignées ponte, nous avons recherché les ROH présents chez chaque individu. L’annotation des ROH partagés par les individus d’une même filière a été réalisée en se référant aux bases Ensembl et animal QTLdb Résultats : Cette étude met en évidence une forte disparité dans le nombre et la répartition des ROH entre les animaux des filières ponte et chair. Des ROH spécifiques de la filière ponte ont été identifiées. Elles correspondent à des régions impliquées dans la variabilité de caractères de production d'œufs, et comportent pour certains des gènes candidats fonctionnels. Conclusion : Cette étude a permis d’identifier des régions spécifiques de la filière ponte qui devraient permettre une meilleure compréhension du déterminisme génétique de cette spécialisation. Elle doit maintenant être complétée par d’autres approches et élargie à d’autres lignées avant d’envisager leur prise en compte pour l’amélioration de lignées à double finalité.