2014-2024 : Mise en place et évolution de la sélection génomique dans la filière aquacole française

La sélection génomique (SG) améliore l’efficacité de la sélection généalogique sur collatéraux à des caractères de mesure létale (découpe, qualité, résistance aux maladies) en remplaçant l’estimation par pedigree de la ressemblance entre animaux par celle du génome. À partir de 2014, le SYSAAF, INRAE et Ifremer ont testé l’efficacité de la SG sur des lignées de bar et de daurade de FMDS en partenariat avec Nofima et le Roslin Institute (projet européen FishBoost). À partir de 2017, l’intérêt de la SG a été confirmé chez la truite, le bar, la daurade et l’huître creuse dans 5 projets FEAMP (57k-Truite, SG-Truite, GeneSea, Quality-Huitre, MedMax) et 3 projets Européens H2020 (PerformFish, NewTechAqua, AquaIMPACT) associant les entreprises de sélection françaises. Le coût (20-25€/individu en 2024) d’un génotypage à 57 000 marqueurs génétiques (puce de moyenne densité MD) constituait cependant un frein pour les entreprises françaises. Objectifs : L’utilisation d’un outil avec moins de marqueurs (panel LD) était une alternative pour réduire les coûts importants de la SG. L’imputation permet de prédire les génotypes MD manquants pour des descendants génotypés en LD grâce aux génotypes MD des parents, en utilisant la transmission des marqueurs des parents à leurs descendants et l’association préférentielle des allèles entre marqueurs proches. L’objectif de cette présentation est d’effectuer une rétrospective de la mise en place de la SG dans la filière aquacole française et de son évolution récente avec l’utilisation de la SG par imputation. Méthodologie : Les génotypes et les performances acquis dans les projets cités ont été utilisés pour évaluer l’intérêt de la SG et de l’imputation pour réduire les coûts en fonction de nombreux facteurs : biologie de l’espèce, nombre de marqueurs génotypés, prise en compte de performances antérieures, pressions de sélection, effectifs variables de collatéraux génotypés. Résultats : Le génotypage par individu est passé à 12-15€ en gardant une efficacité de la SG proche de celle permise par la puce MD. Cela ouvre ainsi l’utilisation de la SG à d’autres espèces à coût pratiquement similaire à celui de la sélection sur pedigree simple. Une adaptation des outils informatiques et statistiques a été nécessaire, ainsi que le choix d’une technologie innovante de génotypage par séquençage. En 2023, 7 entreprises investissent dans la SG pour l’amélioration de 10 lignées. La majorité de ces entreprises utilisent un panel LD chez les descendants et une puce MD chez les parents pour l’imputation. Conclusions : Les différents travaux de recherche ont permis une mise en place rapide de la sélection génomique dans la filière aquacole française permettant de rester compétitif dans un marché international très concurrentiel. La sélection génomique s’est adaptée aux différentes contraintes des entreprises françaises et permet une meilleure efficacité que la sélection sur pedigree.